spadały zespoły z miejsc: 11-151999/2000 III 3 34 63 64-37 K. Palej 232000/01 III 7 36 49 48-43 K. Palej 122001/02 III 11 34 47 44-44 K. Palej 202002/03 III 12 32 42 34-40 J. Hołda 11 spadały zespoły z miejsc: 12-172003/04 IV 3 34 65 72-36 Ł. Chrobak 242004/05 IV 5 30 47 46-48 Ł. Chrobak 92005/06 IV 3 30 60 61-28 Ł. Chrobak 20 reorganizacja rozgrywek w województwie małopolskim po sezonie2006/07 IV 2 34 68 60-43 Ł. Kazik 12 z dwóch grup małopolskiej IV ligi utworzono jedną ligę wojewódzką2007/08 IV 1 34 77 64-21 Ł. Popiela 14 ogólnokrajowa reorganizacja rozgrywek; Unia wygrała IV ligę małopolską, w barażu o awans do nowej II ligi zmierzyła się z Jeziorakiem Iława (1:0 u siebie, 0:1 w Iławie, karne: 2:3)2008/09 IV (nowa III liga) 11 30 38 29-33 P. Drozdowicz 4, S. Hajduk 4, T.Rodak 4. R.Witek 42009/10 IV (nowa III liga) 3 34 63 53-38 M. Kucharzyk 82010/11 IV (nowa III liga) 3 34 70 57-22 M. Wolański 82011/12 IV (nowa III liga) 1 30 62 43-24 Ł. Popiela 102012/13 III (nowa II liga) 13 34 38 38-51 F. Fałowski 6, K.