W czasie okupacji niemieckiej, głównie w roku 1944 dużo drzew zostało wyciętych, budowano bowiem bunkry obronne. Część drzewostanu zniszczono podczas działań wojennych – przeważnie przez artylerię. W styczniu 1943 r. hitlerowcy rozebrali również pomnik „Potop”, przeznaczając 8870 kg brązu na cele wojenne. Po pomniku pozostał tylko basen i mozaika kostkowa wokoło basenu, którą zakryto betonem w latach 50. XX wieku. Na fontannie wykonano natomiast kamienne rzeźby ryb, według projektu Józefa Makowskiego. W 2014 po dokonaniu rekonstrukcji przywrócono stan fontanny sprzed 1943.
W 1946 r. z okazji 600-lecia lokacji miasta Bydgoszczy, w parku i na terenie trzech szkół zlokalizowanych przy ul. Konarskiego odbyła się Pomorska Wystawa Przemysłu, Rzemiosła i Handlu. W wystawie, która odbyła się w dniach 14 lipca-15 września 1946 r., wzięło udział 1085 wystawców, a w ciągu pierwszych trzech tygodni zwiedziło ją 120 tys. widzówMikczyński Roman: Obchody 600-lecia miasta Bydgoszczy. [w.] Kronika Bydgoska XVII. Towarzystwo Miłośników Miasta Bydgoszczy. Bydgoszcz 1995.