Był jednym z 12 sygnatariuszy protokołu końcowego stwierdzającego, że mord w Katyniu został popełniony na wiosnę 1940 r. Następnie uczestniczył w badaniu innych masowych zbrodni NKWD w Winnicy.
Po zajęciu Rumunii przez armię sowiecką, 22 listopada 1944 r. Sowieci usiłowali aresztować dr. Birkle, aby pozbyć się niewygodnego świadka swoich zbrodni. Doktorowi Birkle udało się jednak wymknąć z domu. Przez następne dwa lata pozostawał w ukryciu. Jego rodzina znalazła się w areszcie domowym. Córka dr. Birkle, Rodica, studentka medycyny, która pomagała ojcu w pisaniu jego raportu katyńskiego, poinformowała ambasady USA i Wielkiej Brytanii o losie rodziny. Jednak ani Amerykanie, ani Anglicy nie interweniowali w sprawie rodziny dr. Birkle, ani nie wykazali zainteresowania jego raportem katyńskim. W 1946 r. dr Birkle został skazany przez komunistyczny sąd in absentia na 20 lat więzienia, a jego dom został skonfiskowany. Córka i żona doktora zostały aresztowane. On sam zdobył fałszywy paszport i wyjechał do Szwajcarii, a następnie do Francji. Stamtąd udał się do Argentyny, później do Peru, a na koniec do USA. W 1952 r. w związku z wezwaniem dr. Birkle do złożenia zeznań przed Komisją Senatu USA w sprawie mordu w Katyniu, żona i córka doktora Birkle zostały ponownie aresztowane i skazane na 5 lat więzienia.