Głównym grzbietem biegnie dział wód rozdzielający wspomniane wyżej dorzecza.
Do najbardziej znanych dopływów Mesty należą:
Iztok, który płynie przez dolinę Razłog i ma liczne mniejsze dopływy, Pleszka płynąca przez wieś Dobriniszte, Bezboszka, Retiże wypływająca z jeziora Popowo, Kamenica, Breznica i Korpica.
Do najbardziej znanych dopływów Strumy należą: Włachina wypływająca z jezior o tej samej nazwie, Sandanska Bistrica, która tworzy rozległą dolinę, ma wiele dopływów i przepływa przez miasto Sandanski, Mełniszka, Pirinska Bistrica, która stanowi granicę między Bułgarią i Grecją na południu.
Do najbardziej malowniczych elementów piryńskiego krajobrazu należy 176 krystalicznie czystych górskich jezior, nazywanych w bułgarskim folklorze oczami gór. Wszystkie są pochodzenia lodowcowego i wypełniają na ogół dna spektakularnych cyrków otoczonych przez urwiste marmurowe zbocza i ośnieżone szczyty. Największym i najgłębszym jeziorem jest Popovo. Do innych pięknych jezior należą następujące grupy: Banderiszki, Walawiszki, Wasilaszki, Włachini, Kremenski, Samodiwski, a także jezioro Sinaniszko. Jeziora cieszą się ogromną popularnością wśród turystów. Największe z nich jest czwartym co do wielkości i drugim pod względem głębokości w całej Bułgarii.