Na początku XX w. pojawiali się na niej norwescy myśliwi, polujący na lisy i niedźwiedzie polarne, jednak przetrzebienie ich populacji i skrajnie trudne warunki życia szybko zmusiły ich do opuszczenia wyspy. W 1921 powstała tu norweska stacja meteorologiczna, zaś w 1930 uznano ją za część terytorium Norwegii. thumb|left|Zdjęcie satelitarne Jan Mayen W czasie II wojny światowej wyspa, w przeciwieństwie do reszty kraju, nie dostała się pod okupację niemiecką. W 1941 stacja meteorologiczna wznowiła, przerwaną rok wcześniej, działalność. W 1943 Amerykanie wybudowali w północnej części wyspy stację radiolokacyjną. W okresie powojennym, aż do 1959 aktywność ludzka na wyspie ograniczała się do obserwacji meteorologicznych, powstała również stacja radiowa, utrzymująca kontakt ze statkami rybackimi. W 1959 podjęto decyzję o lokalizacji na Jan Mayen stacji systemu radionawigacyjnego LORAN (Long Range Navigation) dla potrzeb NATO.