Został pochowany 24 maja 1976 roku w kwaterze osób zasłużonych dla kultury na cmentarzu Wojskowym na Powązkach w Warszawie (kwatera A 39-4-7)Wyszukiwarka cmentarna - Warszawskie cmentarze. W imieniu środowisk naukowych przemówienia pożegnalne wygłosili profesorowie: Jan Szczepański, Zygmunt Rybicki, Henryk Markiewicz, Mieczysław Klimowicz oraz Zdzisław LiberaPogrzeb prof. Juliana Krzyżanowskiego, "Życie Warszawy", nr 123, 25 maja 1976, s. 2.. Na jego grobie znajduje się inskrypcja w języku łacińskim „sicut ignis ardens” (pol. „jak płomień gorejący”).
Życie prywatne Julian Krzyżanowski był wnukiem przybyłych z Krakowa do Zagórza Franciszka i Rozalii Dębowskich oraz synem Józefa Krzyżanowskiego i Marii Dębowskiej. Kuzynem Juliana był Bronisław Polityński. W rodzinie Krzyżanowskich urodziło się ośmioro dzieci, z których czworo zmarło w dzieciństwie (jednym z braci był Gabriel ur. 1908). Pod koniec lat 90. XIX wieku rodzina Krzyżanowskich zamieszkała w Bukowsku, gdzie ojciec został organistą.