60.
W chwili wypłynięcia Wielkiej Armady w morze Juan Martínez de Recalde dowodził eskadrą biskajską, liczącą 13 okrętów, której okrętem flagowym była "Santa Ana" (30 dział), jednak on sam płynął na pokładzie galeonu "San Juan" z eskadry portugalskiej (1050 ton wyporności, 50 dział, z załogą liczącą 156 marynarzy i 387 żołnierzy), drugim co do ważności okręcie Armady (po galeonie "San Martin")Colin, Martin, Geoffrey Parker, The Spanish Armada, Manchester University Press 2002, s. 261. Pod nieobecność de Recaldego eskadrą biskajską dowodził na "Santiago" jej nominalny dowódca.
Podczas trwania kampanii Juan Martínez de Recalde dał się poznać jako najlepszy taktyk spośród hiszpańskich dowódców. Mający duże doświadczenie admirał często opowiadał się za śmiałymi rozwiązaniami taktycznymi, ale książę Medina-Sidonia wolał słuchać ostrożniejszych doradców, co spowodowało m.in. zaniechanie ataku pod Plymouth, kiedy Hiszpanie stracili niepowtarzalną szansę na zablokowanie w porcie floty angielskiej i jej zniszczenie. W trakcie walk na kanale La Manche de Recalde dowodził ariergardą Wielkiej Armady i często brał udział w walce.