SS-Wachmannschaften uczestniczyły aktywnie w kierowanej przez Odilo Globocnika Einsatz Reinhardt, czyli akcji eksterminacyjnej, w której wyniku wymordowano co najmniej 1,8 mln Żydów z Generalnego Gubernatorstwa i Okręgu Białystok. Oddziały z Trawnik brały udział w likwidacji gett, przeprowadzały masowe egzekucje, pełniły służbę wartowniczą w obozach śmierci w Bełżcu, Sobiborze i Treblince, a także w różnych obozach pracy dla Żydów.
We wrześniu 1943 roku Globocnik został odwołany z Lublina i przeniesiony na wybrzeże Adriatyku. Wcześniej zawarł porozumienie z SS-Obergruppenführerem Oswaldem Pohlem, na mocy którego obozy pracy w dystrykcie lubelskim oraz obóz szkoleniowy w Trawnikach zostały podporządkowane Głównemu Urzędowi Gospodarczo-Administracyjnemu SS. Nazwę obozu zmieniono wtedy na obóz szkoleniowy SS (niem. SS-Ausbildungslager Trawniki), co pozwoliło wachmanom używać liter „SS” przed stopniem.
3 listopada 1943 roku, podczas akcji „Dożynki” wymordowani zostali żydowscy więźniowie obozu pracy w Trawnikach. W czasie masakry dziedziniec przed kwaterami podoficerskimi w obozie szkoleniowym stanowił miejsce, do którego doprowadzano ofiary, aby rozebrały się do naga przed udaniem się nad masowe groby (wykopane poza terenem obozowym).