Bp Marian Gołębiewski na początku swojej posługi w diecezji, którą rozpoczął w 1996 utworzył dekanaty ze stolicami w: Bobolicach, Mielnie i Ustce, dekanat Krzyż Wielkopolski włączył do dekanatu trzcianeckiego, natomiast dekanaty koszalińskie i słupskie połączył w pojedyncze jednostki administracyjne jako dekanat Koszalin Miasto i dekanat Słupsk. Ten sam biskup 1 stycznia 1999 dokonał kolejnej zmiany w wewnętrznych granicach administracji diecezji tworząc dekanaty Gościno, Słupsk Wschód oraz Słupsk Zachód.
Po odłączeniu od diecezji 25 marca 2004 dekanatu złotowskiego, który przeszedł do nowej diecezji bydgoskiej, obecnie diecezja koszalińsko-kołobrzeska składa się z 24 dekanatów:
Dekanat Barwice Dekanat Białogard Dekanat Bobolice Dekanat Czarne Dekanat Darłowo Dekanat Drawsko Pomorskie Dekanat Gościno Dekanat Jastrowie Dekanat Kołobrzeg Dekanat Koszalin Miasto Dekanat Miastko Dekanat Mielno Dekanat Mirosławiec Dekanat Piła Dekanat Polanów Dekanat Połczyn-Zdrój Dekanat Sławno Dekanat Słupsk Wschód Dekanat Słupsk Zachód Dekanat Szczecinek Dekanat Świdwin Dekanat Trzcianka Dekanat Ustka Dekanat Wałcz
Biskupi
Biskup diecezjalny 100x100px bp Krzysztof Zadarko (od 2026)
Biskup pomocniczy bp Wacław Grądalski (od 2026)