W roku 1938 Kokkinakis bez żadnego procesu został zesłany na 13 miesięcy na wyspę Amorgos na Morzu Egejskim. W roku 1939 skazano go dwukrotnie – za każdym razem na dwa i pół miesiąca. W roku 1940 Kokkinakisa wywieziono na sześć miesięcy na wyspę Melos. W następnym roku ponad 18 miesięcy spędził w wojskowym więzieniu w Atenach. W roku 1949 Minosa Kokkinakisa zesłano na wyspę Makronisos. W latach 50. był aresztowany sześć razy, w więzieniu spędził 10 miesięcy. W następnej dekadzie aresztowano go cztery razy i skazano w sumie na osiem miesięcy. 20 marca 1986 roku Sąd Karny w Lasithi na Krecie rozpatrzył sprawę Kokkinakisów (Minosa i jego żony) i orzekł, iż dopuścili się prozelityzmu. Oboje zostali skazani na 4 miesiące więzienia. Kokkinakisowie odwołali się do Sądu Apelacyjnego na Krecie. 17 marca 1987 roku sąd ten uniewinnił żonę Kokkinakisa, ale utrzymał w mocy jego wyrok, obniżając go do 3 miesięcy więzienia. Minos Kokkinakis odwołał się do Sądu Kasacyjnego – Sądu Najwyższego Grecji. Jednak 22 kwietnia 1988 roku wniosek o apelację został oddalony. 22 sierpnia 1988 roku Kokkinakis zwrócił się o pomoc do Europejskiej Komisji Praw Człowieka. 21 lutego 1992 roku jego prośbę uznano za uzasadnioną i przedłożono ją Europejskiemu Trybunałowi Praw Człowieka.