Pisywał do fachowych periodyków „Wierchy”, „Taternik”, „Las Polski” oraz do innych czasopism: „Wszechświat”, „Światowid”, „Ilustrowany Kurier Codzienny”. Na stopień podporucznika został mianowany ze starszeństwem z 1 stycznia 1936 i 12. lokatą w korpusie oficerów rezerwy łączności.

W czasie II wojny światowej brał udział w kampanii wrześniowej jako dowódca plutony w 13. kompanii łączności wchodzącej w skład Armii „Prusy”Moraczewski 2024, s. 264. następnie poprzez Tatry i Węgry dostał się do Polskich Sił Zbrojnych na Zachodzie. We Francji objął stanowisko dowódcy plutonu łączności 11 pułku piechoty, prowadząc jednocześnie szkolenie batalionu łączności w Centrum Szkół Piechoty w Coëtquidan. Po rozpoczęciu kampanii francuskiej szkoła podchorążych utworzyła batalion bojowy, którego Zajączkowski był członkiem. 21 czerwca 1940 roku ewakuowany z Francji do Wielkiej Brytanii na pokładzie „Batorego”. Otrzymał przydział do 2 batalionu strzelców „Kratkowanych Lwiątek”, stacjonującego w Szkocji, zaraz po jego utworzeniu. W stopniu podporucznika był dowódcą plutonu łączności. Jesienią 1942 jako jeden z pierwszych zgłosił się ochotniczo do 1 Samodzielnej Kompanii Komandosów. Służbę liniową łączył z pasją dziennikarską, stając się od roku 1942 redaktorem biuletynów komandosów „Wypad” a później „Taran” (organ 2 Dywizji Pancernej).