Po sekularyzacji dóbr kościelnych w 1810 roku doszło do reorganizacji parafii. Parafia katedralna przejęła wówczas kościół św. Krzyża, który stał się jej kościołem pomocniczym, zastępując w tej roli niewystarczający już kościół św. Idziego.
W 1819 roku parafie katolickie Wrocławia zostały zorganizowane w jeden okręg kościelny, archiprezbiteriat wrocławski. Parafia katedralna została do niego włączona, zachowując jednak pewną odrębność wynikającą z jej związku z kapitułą. Na przestrzeni XIX i XX wieku nastąpił szereg reorganizacji parafii, szczególnie po 1945 roku. Wówczas w wyniku działań wojennych znaczna część zabudowy Ostrowa Tumskiego, w tym także Katedra św. Jana Chrzciciela, uległa zniszczeniu. Nastąpiła wówczas niemal całkowita wymiana ludności Wrocławia: dotychczasowych mieszkańców niemieckich zastąpili osadnicy polscy. W związku z tym parafia katedralna została zorganizowana na nowo jako wspólnota polska.
Parafialne księgi metrykalne Księgi metrykalnestan zachowania w 1900 rokuwspółczesny stan zachowaniachrztów1587–1612 1670–19001587–16121669–1737 1756–do dziśślubów1587–1737 1753–19001587–1737 1766–do dziśzgonów1587–19001587–do dziś