Baacke startował w zawodach do 2004 roku, ale sukcesów już nie osiągał. W trzeciej edycji Letniego Grand Prix w kombinacji norweskiej zajął szóste miejsce w klasyfikacji końcowej, raz stając na podium – 2 września 2000 roku w Stams zwyciężył. Nie brał udziału w igrzyskach olimpijskich w Salt Lake City w 2002 roku, ale wystąpił w sprincie na rozgrywanych rok później mistrzostwach świata w Val di Fiemme. Nie zdołał jednak obronić tytułu wywalczonego rok wcześniej, zajmując dopiero 23. miejsce. W 2004 roku zakończył karierę.
Osiągnięcia Mistrzostwa świata Miejsce Dzień Rok Miejscowość Konkurencja Wynik zwycięzcy Strata Zwycięzca8.15 lutego2001 LahtiGundersen K-90/15 km 39:26,7+2:45,2 Bjarte Engen Vik4.20 lutego2001 LahtiSztafeta K-90/4x5 kmSkład drużyny: Marko Baacke, Jens Deimel, Ronny Ackermann, Sebastian Haseney48:54,1+53,51.15px24 lutego2001 LahtiSprint K-116/7,5 19:40,3-23.28 lutego2003 Val di FiemmeSprint K120/7,5 km 18:47,8+2:43,9 Johnny Spillane