Pięć ostatnich swych filmów nagrała w najcięższym okresie swego życia.
Ostatnie lata 10 października 1941 wyszła ponownie za mąż za architekta Vladislava Čalouna, prokurenta międzynarodowej firmy transportowej. Możliwe że wiedziała o współpracy męża z ruchem oporu. W czasie represji po zamachu grupy Anthropoid na Reinharda Heyrdicha aresztowano dra Břetislava Lyčkę, którego mąż Letenskej wcześniej znał z organizacji Sokol i z którym współpracował w konspiracji. Dr Lyčka, udzielił pomocy medycznej zamachowcom: kontuzjowanemu podczas lądowania ze spadochronem Jozefowi Gabčíkowi, a w mieszkaniu naczelnika „Sokola” Jaroslava Piskáčka opatrzył Janowi Kubišowi oko zranione podczas zamachu. Ponieważ inny zamachowiec Karel Čurda zdradził swych towarzyszy gestapo, następnego dnia Lyčkowie zostali aresztowani, a niedługo potem także Vladislav Čaloun. Aresztowana miała być również sama Letenská, jednak na skutek interwencji producenta filmu Miloša Havla gestapowcy pozostawili ją, żeby dokończyła zdjęcia w komedii filmowej pod tytułem Příjdu hned (Zaraz przyjdę). W filmie Anna Letenská zagrała perfekcyjnie. Reżyser tego filmu Otakar Vávra wspominał później, że zawsze, kiedy dokończyli ujęcie, Letenská szła usiąść w rogu pomieszczenia, chowała głowę w dłonie i myślała o mężu.