Przed otwarciem muzeum dwudziestu jeden artystów (w tym Willem de Kooning i Robert Motherwell) podpisało listowny protest przeciwko wystawianiu ich dzieł w taki sposób.
W 1992 do budynku dobudowano wieżę w kształcie prostopadłościanu, wyższą od zaprojektowanej przez Wrighta spirali, autorstwa Gwathmey Siegel & Associates Architects. Do tego czasu gmach muzeum zyskał status ikony, tym samym zmiana oryginalnego projektu Wrighta była powodem wielu kontrowersji.
W październiku 2005 wieloletnia kustosz muzeum, Lisa Dennison, została mianowana jego dyrektorem. W lipcu 2007 Dennison zrezygnowała z tego stanowiska na rzecz pracy w domu aukcyjnym Sotheby’s. Obecnie dyrektorem muzeum jest Richard Armstrong, który wcześniej był dyrektorem Carnegie Museum of Art w Pittsburghu.
Jedynym polskim artystą, który miał wystawę w Muzeum Guggenheima, był Wojciech Fangor. Wystawa odbyła się w 1970 i pokazano na niej 37 nowatorskich płócien artysty.
Prace renowacyjne w latach 2005–2008 W okresie od września 2005 do lipca 2008 Muzeum Guggenheima było poddane pracom renowacyjnym, dotyczącym zewnętrznej części budynku.