Na początku 1609 r., wyruszył drogą lądową do Limy, aby rozpocząć rządy w nowej archidiecezji. 3 maja tego roku otrzymał paliusz w Quito, z rąk bpa Salvadora de Rivery, a ingres do katedry w Limie miał miejsce 4 października, w tym samym czasie został przyjęty przez wicekróla Marquésa de Montesclaros.
W liście do króla Hiszpanii Filipa III Habsburga, z 15 marca 1610 r., zdał relacje ze swojej podróży po Ameryce Południowej, pisząc również o swoim przyjęciu w Limie: „Markiz de Montesclaros, wicekról tych królestw, przyjął mnie w sposób bardzo uroczysty i z właściwym szacunkiem dla mojej osoby ze względu na jej godność”.
W 1613 r. zwołał do Limy synod metropolitarny, zakończony w lipcu tego roku, na którym podniesiono kwestię głoszenia ewangelii w języku ojczystym Indian oraz katechizacji czarnych niewolników z Afryki. Podjął się również wizytacji parafii na terenie arcybiskupstwa, którego celem było zatarcie prehiszpańskich praktyk religijnych oraz udzielenie miejscowej ludności sakramentu bierzmowania.
Zmarł w Limie w 1622 r., w wieku 76.