Do największych należą: poważne uszkodzenie krążownika lekkiego „Bartolomeo Colleoni” w bitwie koło przylądka Spatha 19 lipca 1940 roku (za tę akcję dowódca okrętu został kawalerem Orderu Łaźni), współudział w zatopieniu niszczyciela „Espero” 28 czerwca 1940 roku oraz rozgromieniu włoskiego konwoju w Cieśninie Otranto 11 listopada 1940 roku w ramach operacji Judgement. Komandor Collins nie wahał się również podejmować akcji ratowniczych, pomagając włoskim rozbitkom pomimo istniejącego zagrożenia ze strony okrętów podwodnych i lotnictwa nieprzyjaciela.
Po powrocie z krążownikiem do Australii John Collins przekazał dowodzenie HMAS „Sydney” komandorowi Josephowi Burnettowi i przeszedł do pracy sztabowej. Kolejny przydział na okręt otrzymał po przekazaniu marynarce australijskiej w kwietniu 1943 roku krążownika HMAS „Shropshire”, zostając jego dowódcą. W 1944 roku został dowódcą zespołu jednostek australijskich operujących wspólnie z US Navy na Pacyfiku, z HMAS „Australia” jako okrętem flagowym. 21 października 1944 roku odniósł poważną ranę podczas ataku kamikaze.