Misaki zaczyna uczęszczać do akademii Eriol, w której naucza się od poziomu przedszkola do liceum. Zaprzyjaźnia się z przedszkolaczką Hatoko Kobayashi, która jest znanym Deusem i ekspertką w dziedzinie Angelic Layer. Jej niesamowicie szybki anioł Suzuka jest faworytem podczas rozgrywek turniejowych. Misaki zaprzyjaźnia się też z Koutarou Kobayashi, starszym bratem Hatoko, oraz jego przyjaciółką Tamayo Kizaki, która fascynuje się sztukami walki. Obydwoje okazują się chodzić do tej samej klasy, co ona.
Misaki jako cel obiera sobie odnalezienie swojej matki, której nie widziała od czasu, gdy zaczęła chodzić do szkoły. Dowiaduje się, że chcąc wynaleźć idealną protezę, która pomogłaby jej w walce ze stwardnieniem rozsianym (ze względu na które porusza się na wózku inwalidzkim), postanowiła asystować nad rozwojem gry Angelic Layer i jest Deusem anioła Atheny oraz championką Angelic Layer (wersja historii w anime).