liczna populacja strzebli potokowej, certy i węgorza pochodzenia naturalnego. W dolinach rzecznych i terenach zagłębień dennomorenowych znajdują się rozległe połacie różnego typu lasów łęgowych.
Formularz danych obszarów Natura 2000 przedstawia „Dorzecze Parsęty” jako ważny obszar dla zachowania w Polsce naturalnej populacji złoci pochwolistnej (Gagea spathacea) i kokoryczy drobnej (Corydalis pumila) oraz grążela drobnego (Nuphar pumila). W dolinie rzeki Dębnicy znajduje się jedyne na Pomorzu stanowisko śledziennicy naprzeciwlistnej (Chrysosplenium oppositifolium).
Doliny dorzecza Parsęty są cenionym obszarem dla rozrodu wydry. Na obszarze ochrony występują liczne i bardzo dobrze zachowane biotopy dla ptaków drapieżnych: orlika krzykliwego, błotniaka stawowego, kani rudej, bielika, puchacza czy sowy błotnej oraz dla ptaków związanych z obszarami wodno-błotnymi: bociana białego, bociana czarnego, zimorodka, sieweczki rzecznej, kulika wielkiego czy żurawia.