Charakterystyka atolu Lądowy pierścień całkowicie otacza lagunę w kształcie zbliżonym do elipsy o wymiarach 2,4 × 3,8 km i ma 11 km obwodu. Szerokość tego pierścienia wynosi od 50 do 200 m, a powierzchnia lądu ok. 1,7 km². Powierzchnia atolu, uformowana z twardej skały koralowej, wznosi się średnio 3 m n.p.m., jedynie w południowo-wschodnim krańcu laguny wznosi się skała Clipperton Rock o wysokości 29 m, pochodzenia wulkanicznego – najwyższy punkt atolu. Rafy koralowe o szerokości ok. 50 m otaczają atol prawie ze wszystkich stron; jest on dostępny jedynie w dwóch miejscach: od północnego wschodu i południowego zachoduJerzy Zabiełło: Clipperton – samotny atol na Pacyfiku, „Poznaj Świat” R. XIX, nr 1 (218), styczeń 1971, s. 31–32..
Pierwotnie laguna, o powierzchni ok. 7,1 km², posiadała dwa połączenia z oceanem: po stronie północno-wschodniej oraz południowo-wschodniej. W latach 1840–1858 laguna została odcięta od oceanu, zapewne na skutek sztormu. Obecnie laguna nie posiada połączenia z Oceanem. Izolacja wód laguny od oceanu doprowadziła do śmierci wielu koralowców i eutrofizacji środowiska, które w ten sposób tworzy specyficzny ekosystem, w którym np. nie występują żadne ryby. Głębokość laguny w większości nie przekracza 20 m p.p.m.