17 lipca 1864, tuż przed starciem nad Peachtree Creek Jefferson Davis, niezadowolony ze strategii ciągłych uników, miast agresywnych natarć (jak w kampanii półwyspowej z 1862) stracił cierpliwość do Johnstona i odwołał go ze stanowiska. Hood został 18 lipca tymczasowoJego nominacja nie została nigdy zaakceptowana przez Kongres. 23 stycznia 1865 wrócił do rangi generała dywizji. mianowany pełnym generałem, otrzymując dowództwo armii stacjonującej pod Atlantą. W wieku 33 lat, Hood był najmłodszym oficerem po obu stronach konfliktu komenderującym całą armią. Robert E. Lee miał mieszane uczucia, czemu dał wyraz odpisując na list Davisa, w którym nazwał Hooda „dzielnym wojownikiem, bardzo zaradnym na polu bitwy, nierozważnym poza nim”; nie był w stanie określić, czy Hood posiadał umiejętności potrzebne do dowodzenia armią w poluSword, s. 32..
Hood dowodził armią podczas pozostałej części kampanii atlanckiej, przeprowadzając zmasowane, agresywne ataki, z których słynął. Tamtego lata wykonał cztery ofensywy, jednakże nie zdołał przełamać Shermanowskiego oblężenia Atlanty. 2 września 1864, poniósłszy znaczne straty wycofał się z miasta, paląc jak najwięcej zapasów i instalacji wojskowych po drodze.