W roku 1939, wskutek wewnętrznej polityki Auto Union promującej tańsze samochody DKW, marka Audi na prawie trzy dekady zniknęła z rynku nowych samochodów.
Wybuch II wojny światowej zahamował rozwój Auto Union, a we wszystkich zakładach marki produkowano uzbrojenie wojskowe. Podobnie jak w wielu fabrykach ówczesnych Niemiec, w zakładach produkcyjnych spółki znaleźli się robotnicy przymusowi, więźniowie obozów koncentracyjnych i więźniowie wojenni. W fabrykach Auto Union pracowało około 50 tys. niewolników za co odpowiedzialny był założyciel koncernu Richard Bruhn, członek NSDAP. Przy budowie podziemnej fabryki, w której Auto Union budowało silniki do czołgów, zginął co czwarty z 18 tys. więźniów obozu koncentracyjnego w Litomierzycach nad Łabą.
Lata 1945–1968 Po II wojnie światowej Auto Union AG rozpłynęło się w strefie okupowanej przez sowietów. Spółka produkowała jako VEB Automobilwerk Zwickau model AWZ P70, a w 1958 roku dołączono poprzednie zakłady Horcha z terenu byłego NRD. W nowym VEB Sachsenring Automobilwerke Zwickau do 1991 roku produkowano Trabanty.