Po II wojnie światowej władze PRL przejęły pałac i większość majątku, adaptując go na potrzeby domu dziecka, rolę plebanii zaś przez dłuższy czas, bo aż do roku 1972 nadal pełniły dawne dworskie czworaki. Kaplica wciąż pełniła swą funkcję kościoła parafialnego aż do momentu konsekrowania w roku 1957 nowego kościoła. Wtedy to z części kaplicy wyodrębniono powierzchnię, na której utworzono dodatkowe salki katechetyczne, zaś w pozostałej części nadal regularnie odprawiano msze święte i nabożeństwa. Po powrocie na teren parafii augustianów i odzyskaniu reszty dawnego majątku, kaplica przejęła funkcję kościoła rektoralnego i pełni ją do dziś.
Na przełomie lat 60. 70. XX wieku, w związku z wybudowaniem w pobliżu nowego osiedla – Na Kozłówce, a w latach 70. 80. – Nowy Prokocim, parafia zaczęła się mocno rozrastać pod względem liczebności wiernych, w związku z czym wydzielono jej wschodnią część i na tych terenach utworzono a 1 lutego 1983 założono parafię Miłosierdzia Bożego dla nowo-wybudowanego osiedla Nowy Prokocim. Nowy kościół parafialny pw. Miłosierdzia Bożego poświęcono w roku 1999.