Pod względem fizycznogeograficznym dzielnica Fordon należy do trzech makroregionów. W związku z tym środowisko przyrodniczo-geograficzne jest tu zróżnicowane na stosunkowo niewielkim obszarze. Część północno-zachodnia (górny taras) należy do Pojezierza Południowopomorskiego, mezoregionu Wysoczyzna Świecka i mikroregionów Zbocze Fordońskie i Wysoczyzna Osielska (90–95 m n.p.m.). Część północno-wschodnia (Pałcz, Łoskoń) należy do makroregionu Dolina Dolnej Wisły, mezoregionu Dolina Fordońska i mikroregionu Przełom Doliny Wisły. Pozostała część należy do makroregionu Pradolina Toruńsko-Eberswaldzka, mezoregionu Kotlina Toruńska i mikroregionu Miasto Bydgoszcz. Enklawa Mała Kępa na prawym brzegu Wisły należy do mikroregionu Łęgi OstromeckieŚrodowisko przyrodnicze Bydgoszczy. Praca zbiorowa pod red. Józefa Banaszaka, Wydawnictwo Tanan. Bydgoszcz 1996.. Granicą makroregionów jest w części północnej 40–50-metrowe Zbocze Fordońskie z systemem malowniczych jarów i dolinek erozyjnych. Ciągnie się ono z zachodu na wschód, osiągając kulminację południowo-wschodnią na Górze Szybowników, po czym zakręca na północ, stanowiąc zachodnią krawędź Doliny Dolnej Wisły. Teren Fordonu znajduje się w obrębie trzech zasadniczych poziomów: wysoczyzny morenowej na górnym tarasie (ok.