Grupa B ZespółMeczeWPZd.Str.Róż 1. FC Barcelona 10 9 1 813 650 +163 2. Montepaschi Siena 10 8 2 835 750 +85 3. Panathinaikos Ateny 10 7 3 763 707 +56 4. Asseco Prokom Sopot 10 2 8 675 734 −59 5. Žalgiris Kowno 10 2 8 716 812 −96 6. SLUC Nancy 10 2 8 706 855 −149
Grupa C ZespółMeczeWPZd.Str.Róż 1. TAU Cerámica 10 8 2 916 808 +108 2. Lottomatica Rzym 10 6 4 814 786 +28 3. Fenerbahçe Ülker 10 6 4 779 755 +24 4. ALBA Berlin 10 4 6 691 748 −57 5. DKV Joventut 10 4 6 800 810 −10 6. Olimpija Lublana 10 2 8 725 818 −93
Grupa D ZespółMeczeWPZd.Str.Róż 1. CSKA Moskwa 10 7 3 774 644 +130 2. Real Madryt 10 6 4 740 707 +33 3. AJ Milano 10 5 5 734 745 −11 4. Partizan Belgrad 10 5 5 706 687 +19 5. Efes Pilsen SK 10 4 6 713 762 −49 6. Panionios Ateny 10 3 7 668 790 −122
TOP16 Zespoły, które awansowały z grup w rundzie zasadniczej, trafiły do TOP16 - najlepszej szesnastki w rozgrywkach Euroligi. W tej fazie drużyny walczą w czterozespołowych grupach, gdzie każdy gra z każdym dwukrotnie - raz w domu, a raz na wyjeździe. Ci, którzy zajmą pierwsze dwa miejsca, awansują do ćwierćfinału. Faza rozpoczęła się 28 stycznia, a zakończyła się 12 marca 2009 roku. Losowanie odbyło się 19 stycznia w siedzibie Euroligi w Barcelonie
Awans do ćwierćfinałów Odpadnięcie z rywalizacji