Po raz pierwszy do ligowej fazy play-off zespół zakwalifikował się za kadencji trenera José Luisa Trejo, podczas wiosennego sezonu Clausura 2004 poprzez zajęcie pierwszego miejsca w sumarycznej tabeli. Mimo udanego regularnego sezonu (tylko jedna porażka w dziewiętnastu meczach) Jaguares odpadli z decydujących o mistrzostwie kraju play-offów już w ćwierćfinale. Zakupiony przed tymi rozgrywkami paragwajski napastnik Salvador Cabañas szybko został jedną z największych gwiazd ligi meksykańskiej, podczas rozgrywek Clausura 2006 w barwach Jaguares został królem strzelców Primera División, a ogółem w latach 2003–2006 zdobył dla drużyny 61 bramek, dzięki czemu do dziś pozostaje najskuteczniejszym piłkarzem w historii klubu.
W połowie 2010 roku przedsiębiorstwo Grupo Salinas odkupiło klub od stanu Chiapas za sumę 25 milionów dolarów. Wraz ze zmianą właściciela modyfikacji uległo również logo zespołu, a nowym trenerem został José Guadalupe Cruz. W 2011 roku awansował on z Jaguares do pierwszego w dziejach drużyny występu w międzynarodowych rozgrywkach klubowych, turnieju Copa Libertadores.