1 stycznia 2002 utworzono parafię św. Rafała Kalinowskiego (Kliny-Zacisze).
1 lipca 2011 z terenu parafii wydzielono nowo powstały przy ul. Bobrzyńskiego rektorat św. Jana Pawła II w Krakowie, z którego ksiądz kardynał Stanisław Dziwisz dnia 13 maja 2016 erygował parafię św. Jana Pawła II w Krakowie.
Proboszczowie ks. Jan Lupa (1934–1968) ks. Zbigniew Krzystyniak (1968–1970) ks. Stanisław Jaworski (1970–1986) ks. Piotr Kałamacki (1986–1994) ks. Tadeusz Szarek (1994–2005) ks. prałat Tadeusz Dziedzic (2005–2007) ks. kanonik Jan Antoł (2007–2012) ks. Grzegorz Odrzywołek (od 2012)
Zasięg parafii Ulice: Babińskiego (numery parzyste),Barycza (numery parzyste), Bieniarzównej, Biesiadna, Bobrzyńskiego (osiedle Europejskie), Burgundzka, Burgundzka, Cesarza, Czerwone Maki, Druhny Hanki, Gwieździsta, Karabuły, Kobierzyńska (numery parzyste od 114, numery nieparzyste od 175), Kolista, Koszarówka, Krempy, Krumlowskiego, Kułakowskiego, Kwiecista, Liściasta (numery nieparzyste), Lubostroń, Łuczyńskiego, Macierzanki, Magnolii (numery parzyste), Normandzka, Obozowa, Obrońców Tobruku (numery nieparzyste), Piltza, Przyzby, Sąsiedzka (numery parzyste do 24, nieparzyste do 11), Skośna, Solvaya, Spychalskiego, Starca, Studzianki, Szczerbińskiego, Konopczyńskiego, Torfowa, Tymotkowa, Wandejska, Zagrodzkiego, Zalesie, Zamiejska, Zawiła