Większość zbiorów stanowi dawne wyposażenie apteki „Pod Łabędziem" lub pochodzi z kolekcji twórcy Muzeum – Bartłomieja Wodyńskiego. Zbiory pochodzą głównie z zachodnich ziem Polski i terenu dzisiejszych Niemiec, zaś pozostała część to dziedzictwo byłego Królestwa Kongresowego, zachodnich guberni zaboru rosyjskiego lub Galicji.
W związku z zamknięciem apteki w 2017Najstarsza bydgoska apteka zlikwidowana po 164 latach działalności, zbiory muzeum zostały przejęte przez Muzeum Okręgowe w BydgoszczyAleksandra Lewińska Muzeum Okręgowe przejmie zbiory z Muzeum Farmacji. Kolekcją zajmuje się Dział Historii Medycyny i Farmacji. Na wystawę stałą składa się ekspozycja dotycząca historii bydgoskiego aptekarstwa, dawna izba ekspedycyjna, izba recepturowa z lat 70. XX w. oraz jedyne w Polsce laboratorium galenowe z przełomu XIX i XX w.. W rozstrzygniętym w 2021 konkursie na nową aranżację wnętrza wybrano projekt Marty Simon – studentki wzornictwa z Pracowni Projektowania Mebla na Wydziale Inżynierii Mechanicznej Uniwersytetu Technologiczno-Przyrodniczego w BydgoszczyTak studenci wzornictwa UTP widzą wnętrza Muzeum Farmacji. Jeden projekt do realizacji.