15 grudnia 2022 aptekę otwarto ponownie, tym razem jako placówkę muzealną.
Złoty łabędź Figura łabędzia odlana ze stopu metali złota pełniła funkcję aptecznego godła prawdopodobnie od czasu otwarcia apteki. Pierwsze fotografie łabędzia pochodzą z przełomu XIX i XX wieku, co potwierdzają widokówki z tego okresu. Figura stała na belce wystającej ze ściany nad głównym wejściem apteki.
Rzeźba wisiała nad wejściem do 1959 roku, kiedy dr Stanisław Proń z Muzeum Farmacji CM UJ w Krakowie, otrzymawszy pozwolenie z Ministerstwa Zdrowia, jeździł po Polsce, zbierając ciekawe starocie apteczne w celu zasilenia nimi zbiorów krakowskiego muzeum. Dr Proń dotarł również do Bydgoszczy, a zobaczywszy łabędzia wywiózł go do Krakowa.
W 2003 roku na zapleczu apteki otwarto Muzeum Farmacji Apteki „Pod Łabędziem". Prace badawcze podjęte przez tę placówkę doprowadziły do odnalezienia łabędzia w magazynie Muzeum Farmacji CM UJ.