W ostatnim roku życia cierpiał z powodu niedającej się uleczyć biegunki, spowodowanej albo sercem płucnym, albo niewydolnością zewnątrzwydzielniczą trzustki (patrz dalej).
thumb|Maska pośmiertna kompozytora 17 października 1849 roku o godzinie 2 w nocy, po gwałtownym ataku kaszlu, Chopin w wieku lat 39 zmarł. Jean Cruveilhier stwierdził zgon kompozytora, przystawiając lusterko do jego ust i oświetlając świecą źrenice. Zgodnie z wolą zmarłego przeprowadził również jego autopsję. Raport z badania pośmiertnego uległ zniszczeniu podczas pożaru Paryża w 1871 lub w trakcie II wojny światowejMusic & medicine: medical profiles of great composers... op. cit. s. 149. Wnioski z raportu znane są z drugiej ręki i jest wiadome, że akt zgonu Chopina podawał jako przyczynę śmierci gruźlicę płuc i krtani. Wojciech Grzymała w liście do Auguste Leo datowanym na październik 1849 pisał, że autopsja nie potwierdziła zmian gruźliczych w płucach, a choroba kompozytora nie była znana ówczesnej medycynie. Wyniki sekcji były znane również Ludwice Chopin, Adolfowi Guttmannowi i Jayne Sterling, a ich relacje na ten temat były zgodne z cytowanymi wcześniej.