W styczniu 2007 roku doszedł do finału imprezy w Ćennaju, lecz w finale nie sprostał Belgowi Xavierowi Malisse.
W latach 1998–2011 reprezentował Austrię w Pucharze Davisa. Ma na swoim koncie zwycięstwa na takimi zawodnikami jak Tim Henman i Greg Rusedski. Rozegrał dla reprezentacji łącznie 39 meczów (wszystkie w singlu), z których 20 wygrał.
Najwyżej sklasyfikowany w rankingu singlistów był w połowie marca 2000 roku na 20. miejscu, natomiast w zestawieniu deblistów pod koniec lipca 2007 roku zajmował 94. pozycję.
Na początku maja 2011 roku Koubek ogłosił zakończenie kariery tenisowej. W styczniu 2015 został kapitanem reprezentacji Austrii w Pucharze Davisa.
Finały w turniejach ATP World Tour
Gra pojedyncza (3–3)
Gra podwójna (1–1)
Starty wielkoszlemowe (gra pojedyncza) Turniej 1999 2000 2001 2002 2003 2004 2005 2006 2007 2008 2009 2010 Wygrane turnieje Bilans w turniejuAustralian Open1R3R2RQF1R1R––1R3R2R3R0 / 1012–10French Open4R2R1R1R2R3R1R–2R–1R–0 / 98–9Wimbledon1R2R1R2R2R2R1R–1R–2R1R0 / 105–10US Open1R2R1R1R2R3R1R1R3R–––0 / 96–9 Wygrane turnieje0 / 40 / 40 / 40 / 40