Formuła 3 thumb|240px|Mika Mäki w otwierającym sezon Formuły 3 Euro Series 2009 wyścigu na torze Hockenheimring W roku 2008 awansował do Formuły 3 Euro Series, za sprawą niemieckiej ekipy Mücke Motorsport. Nieoczekiwanie już w pierwszym wyścigu sezonu sięgnął po zwycięstwo, dzięki czemu przez pewien czas pozostawał liderem mistrzostw. Ostatecznie jednak w wyniku nierównej jazdy, Fin rywalizację zakończył na 5. pozycji (stanął łącznie pięć razy na podium, z czego dwukrotnie na najwyższym stopniu). W kolejnym roku startów przeniósł się do francuskiej stajni Signature-Plus. Pomimo sporych nadziei, sezon nie był najbardziej udany dla Miki, który zwyciężył w zaledwie jednym wyścigu, na torze w Wielkiej Brytanii i w klasyfikacji generalnej zajął słabszą 6. lokatę.
Oprócz startów w F3, w tym okresie Fin dwukrotnie wystąpił również w prestiżowym wyścigu o Grand Prix Makau (zajął w nim odpowiednio 4. i 8. miejsce), raz w Masters of Formula 3 (4. miejsce) oraz wziął udział w jednej rundzie Azjatyckiej GP2, w zespole Trust Team Arden, na torze w Szanghaju.