W 1986 parafia otrzymała zgodę na budowę Kościoła przy placu kard. Stefana Wyszyńskiego, a 5 czerwca 1986 ks. Kühnbaum został ustanowiony proboszczem. W tym samym roku parafię odwiedził kard. Franciszek Macharski, udzielając błogosławieństwa.
27 czerwca 1996 abp Tadeusz Gocłowski – Metropolita Gdański, dokonał podziału administracyjnego paraffi na Żabiance. W efekcie kościół przy ul. Gdyńskiej stał się ośrodkiem parafii Chrystusa Odkupiciela, a kościół budowany przy placu kard. Wyszyńskiego stał się ośrodkiem parafii Matki Bożej Fatimskiej. Jednocześnie kościół parafialny został ustanowiony Archidiecezjalnym Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej. Jest to wotum dziękczynne za dar nawiedzenia Żabianki przez figurę Matki Bożej z Fatimy w dniach 8–9 maja 1996.
Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej 27 czerwca 1996 arcybiskup metropolita gdański – Tadeusz Gocłowski CM, erygował parafię jednocześnie budowany kościół parafialny ustanowił Sanktuarium dedykowane Matce Bożej Fatimskiej. Nowo erygowana parafia objęła część terenu parafii Wniebowzięcia Najświętszej Maryi Panny – obecnie Chrystusa Odkupiciela na Żabiance oraz część terenu parafii Najświętszej Maryi Panny Królowej Różańca Świętego na Przymorzu. Proboszczem nowo utworzonej parafii i kustoszem sanktuarium został ustanowiony ks. mgr Piotr Tworek.