W 1986 parafia otrzymała zgodę na budowę Kościoła przy placu kard. Stefana Wyszyńskiego, a 5 czerwca 1986 ks. Kühnbaum został ustanowiony proboszczem. W tym samym roku parafię odwiedził kard. Franciszek Macharski, udzielając błogosławieństwa.
31 sierpnia 1991 nastąpił pożar „Betlejemki”, ale dzięki staraniom parafian szybko zostaje odbudowana.
27 czerwca 1996 abp Tadeusz Gocłowski CM – Metropolita Gdański, dokonał podziału administracyjnego parafii na Żabiance. W efekcie kościół przy ul. Gdyńskiej stał się ośrodkiem parafii Chrystusa Odkupiciela, a nowo budowany Kościół przy placu kard. Wyszyńskiego stał się ośrodkiem nowej parafii pw. Matki Bożej Fatimskiej. Jednocześnie kościół parafialny został ustanowiony Archidiecezjalnym Sanktuarium Matki Bożej Fatimskiej jako wotum dziękczynne za dar nawiedzenia Żabianki przez figurę Matki Bożej z Fatimy w dniach 8–9 maja 1996.
W czerwcu 2002 nieznani sprawcy podpalili „Betlejemkę”. Szeroki zakres zniszczeń wymusił rozbiórkę kaplicy – pierwszego miejsca wspólnych modlitw mieszkańców Żabianki.
Decyzją arcybiskupa metropolity gdańskiego – Tadeusza Wojdy SAC, z dnia 14 września 2025 parafia została mianowania siedzibą dekanatu.
Kalendarium