17 sierpnia 1942 został aresztowany przez gestapo i osadzony w więzieniu na Pawiaku. Niemcy byli dobrze poinformowani o działalności zatrzymanego, ale mimo tortur podczas śledztwa Kazimierz Skorupka nie wydał nikogo. W pierwszych miesiącach 1943 hitlerowcy przewieźli Skorupkę do obozu zagłady na Majdanku w Lublinie. Ostatnim dowodem życia Kazimierza jest alfabetyczny spis więźniów sporządzony przez istniejącą w obozie komórkę ruchu oporu, gdzie został on odnotowany pod numerem 273. Na początku 1944 nastąpiła ewakuacja obozu, więźniowie byli przekazywani do obozów w Auschwitz-Birkenau i Groß-Rosen, jednak żaden z tych obozów nie odnotował przybycia więźnia o nazwisku Kazimierz Skorupka.
Z nielicznych zeznań byłych więźniów wynikało, że jeden z nich, pasujący wyglądem do Skorupki, był uznawany przez władze obozu za więźnia politycznego i systematycznie poddawany przesłuchaniom i torturowany. Jego stan zdrowia stale się pogarszał i pewnego dnia z przesłuchania nie powrócił. Jak wynika z relacji jednego ze współwięźniów Majdanka, zmarł w tym obozie po przesłuchaniach, na które zabierano do więzienia na Zamek LubelskiArchiwum Państwowego Muzeum na Majdanku, syg. VII/M-56, Andrzej Janiszek, k. 128..