Są przypadki, kiedy interesy wehikułu i replikatora są w jawnym konflikcie, tak jak np. geny powodujące ryzykowne dla osobników rodzaju męskiego zachowania seksualne (modliszki), czy też geny oszukujące mechanizm podziału mejotycznego (). W ten sposób można też wyjaśnić istnienie tzw. „śmieciowego DNA” nieprzynoszące organizmowi żadnych korzyści i starzenie, dzięki któremu śmierć starych organizmów tworzy przestrzeń dla potomstwa, co jest korzyścią dla genów i stratą dla umierających organizmów.
Przykłady te mogłyby tworzyć wrażenie, że istnieje jakaś walka pomiędzy genami a ich nosicielami. Ale zawsze w przypadku konfliktu interesów z łatwością wygrywają geny. Wyjątkiem jest sytuacja, kiedy nosiciel genów jest istotą inteligentną na tyle, że kieruje się kryterium własnej korzyści. Przykładem jest osoba stosująca antykoncepcję.