Wojna i okupacja We wrześniu 1939 roku Irzykowski mieszkał na Kolonii Staszica. W okolicy znajdował się duży kompleks budynków wojskowych. To zapewne przesądziło, iż w przeddzień kapitulacji Warszawy Kolonia została zbombardowana. Mieszkanie pisarza spłonęło doszczętnie Jerzy S. Majewski, Zapomniane wille Kolonii Staszica, „Gazeta Wyborcza Stołeczna” z 30 stycznia 2003, s. 8.. Zniszczeniu uległa wówczas kompletowana przez wiele lat biblioteka. W czasie okupacji niemieckiej Irzykowski utrzymywał się z wykładów stenografii polskiej i niemieckiej, biorąc także udział w podziemnym życiu kulturalnym. Pisał książkę Wyspa (niemal w całości spłonęła w powstaniu warszawskim, ocalały zaledwie fragmenty), w której zamierzał przedstawić swą filozofię klerkizmu. Podczas powstania Kolonię Staszica opanowali żołnierze RONA, którzy dopuszczali się gwałtów i morderstw na ludności cywilnej. Irzykowski niedomagał w tym czasie na serce. Postanowił opuścić mieszkanie przy ul. Filtrowej 75, w którym wówczas przebywał. Został ranny w nogę. Niemieccy żołnierze przenieśli go na Okęcie, a stamtąd trafił do prowizorycznego szpitala w Milanówku, który mieścił się w willi „Perełka”. Następnie przeniesiono go do szpitala w Żyrardowie. Leżał tam w jednej sali z młodymi powstańcami. Okazało się, że rana uległa zakażeniu.