W kolejnym sezonie tylko raz stanął na podium, za to na najwyższym stopniu: 23 lutego 2016 roku w Kuopio. W klasyfikacji generalnej był tym razem piąty.
Najlepsze wyniki osiągnął w sezonie 2016/2017, kiedy zajął drugie miejsce w klasyfikacji generalnej, przy czym siedemnaście razy stawał na podium. Na najwyższym stopniu znalazł się ośmiokrotnie: 26 i 27 listopada w Ruce, 17 grudnia 2016 roku w Ramsau, 21 stycznia 2017 roku w Chaux-Neuve, 27 i 28 stycznia w Seefeld oraz 4 i 5 lutego 2017 roku w Pjongczangu. Na mistrzostwach świata w Lahti Rydzek zwyciężał we wszystkich konkurencjach. Oprócz zwycięstw indywidualnych razem z Frenzelem wygrał sprint drużynowy, a wspólnie z Frenzelem, Kircheisenem i Rießle wygrał sztafetę. Na rozgrywanych rok później igrzyskach olimpijskich w Pjongczangu reprezentacja Niemiec w składzie: Vinzenz Geiger, Fabian Rießle, Eric Frenzel i Johannes Rydzek zdobyła złoto w sztafecie. Rydzek zdobył też złoty medal indywidualnie na dużej skoczni, gdzie wyprzedził Rießle i Frenzela o odpowiednio 0,4 i 0,8 sekundy. Ponadto zajął piąte miejsce na normalnej skoczni. W zawodach PŚ na podium stanął pięć razy, dwukrotnie zwyciężając: 26 listopada 2017 roku w Ruce i 4 marca 2018 roku w Lahti.