Trzecia Era W Trzeciej Erze populacja miasta nadal była znaczna, jakkolwiek nieustannie malała. Oprócz tego mieszkańcy w poszukiwaniu mithrilu drążyli ziemię coraz głębiej – na własną zgubę. W 1980 roku Trzeciej Ery wyzwolili przyczajonego od końca Pierwszej Ery pod korzeniami Caradhrasu Balroga. Valarauko zabił króla Durina VI (odtąd krasnoludowie wspominali o nim jako o Zgubie Durina) oraz jego syna Náina I i po trwającej rok wojnie przepędził wszystkich mieszkańców miasta. Pierścień władców Khazad-dûm ocalał jednak i pozostał w posiadaniu potomków królewskiej linii na wygnaniu. W ciągu następnych stuleci spustoszona Moria została zamieszkana przez orków, trolle i inne siły z czeluści świata.
W zbiorniku wodnym utworzonym przez zatamowane wody Sirannonu osiedlił się także strzegący Zachodniej Bramy Czatownik. Obie te inwazje, jak również wcześniejsze przebudzenie Balroga, przypisywano woli powracającego do potęgi Saurona.