Z inicjatywy Schinkla i księcia Fryderyka Wilhelma udało się jednak doprowadzić do cofnięcia tego zezwolenia.

Schinkel w dalszej części swej ekspertyzy powoływał się na fakt, iż choć większość członków parafii pierwotnie chciała wykorzystać działkę kościelną i materiał budowlany na budowę szkoły i proponowała budynek kościoła ewentualnie przebudować na ten właśnie cel, to jednak w wyniku polepszenia się sytuacji finansowej i na podstawie dalszych ekspertyz wspólnota parafialna zdecydowała się ostatecznie na odbudowę kościoła jako domu Bożego.

W marcu 1839 Mariacka wspólnota parafialna na zwołanym zgromadzeniu podjęła decyzję o odłączeniu się od parafii św. Rajnolda.

Przystąpiono następnie do zabezpieczenia zrujnowanego kościoła. W czerwcu 1837 wyceniono koszty remontu na 3786 talarówLuise von Winterfeld, Die Marienkirche im Wandel der Zeiten, w: Konrad Lorenz, Die Ev. St. Marienkirche zu Dortmund. Eigenverlag der Mariengemeinde, zahlreiche Abbildungen, Dortmund, 1981, s. 23.. Po zakrojonych na szeroką skalę pracach rekonstrukcyjnych pod kierunkiem inspektora budowlanego Buchholza odprawiono w odbudowanym kościele w maju 1839 pierwsze nabożeństwo, które poprowadził proboszcz Nonne ze Schwelm, autor poematu wolnościowego „Flamme empor”.