Do realizacji postanowień nie dopuścił król Aleksander oraz przeważająca w elitach politycznych Wielkiego Księstwa opcja antyunijna.
Nie do przyjęcia dla Jagiellonów był zapis o elekcyjności wspólnego polsko-litewskiego tronu. Dynastia traciła swe dziedziczne uprawnienia na Litwie, nie mając gwarancji, że jej przedstawiciele zostaną wybrani królami Polski, co mogłoby skutkować utratą wszystkiego w kolejnej elekcji. W tekście nie znalazło się drażliwe dla Litwinów określenie inkorporacja (wcielenie, włączenie), jednak w praktyce postanowienia unii włączały Wielkie Księstwo do Korony. Wspólny władca miał być królem Polski, udział strony litewskiej w elekcji miał być symboliczny, w postaci niewielkiej delegacji. Niezadowolenie Litwinów pogłębiło rozczarowanie co do skuteczności pomocy polskiej w wojnie z Rosją. W zawartym w 1503 r. rozejmie Wielkie Księstwo musiało uznać stratę na rzecz Moskwy około 30% swego terytorium.
W tej sytuacji Aleksander i Litwini wykorzystali przewidzianą w akcie unii konieczność jej ratyfikacji (zatwierdzenia przez prałatów, panów, szlachtę i bojarów litewskich). Miało się to stać na sejmie litewskim w Brześciu (1505). Wspólne działanie króla i większości litewskich możnych spowodowało odrzucenie unii (jej zwolennicy, np. marszałek Jan Zabrzeziński, stracili swe urzędy).