31 sierpnia 1945 zadeklarował chęć porzucenia Kościoła Zagranicznego i powrotu do macierzystego Rosyjskiego Kościoła Prawosławnego. Został przyjęty, patriarcha Moskwy pozwolił mu zachować wszystkie uzyskane wcześniej godności i uczynił go biskupem pomocniczym egzarchy zachodnioeuropejskiego, jakim nadal był Eulogiusz (Gieorgijewski), mimo sprzeciwu tego ostatniego. Po śmierci metropolity Eulogiusza w sierpniu następnego roku, 9 sierpnia został wyznaczony na nowego egzarchę. Jednak w październiku 1946 nadzwyczajny zjazd duchowieństwa i wiernych egzarchatu opowiedział się za powrotem w jurysdykcję Patriarchatu Konstantynopolitańskiego. W związku z tym metropolita Serafim miał de facto pod swoją kontrolą tylko tę część parafii rosyjskich w Europie Zachodniej, które nie weszły w skład Zachodnioeuropejskiego Egzarchatu Parafii Rosyjskich z metropolitą Włodzimierzem (Tichonickim) na czele.
W 1948 uczestniczył w obchodach jubileuszu 500-lecia autokefalii Kościoła Rosyjskiego. W roku następnym odszedł w stan spoczynku. Do 1954 przebywał nadal w Paryżu, po czym wrócił do ZSRR. Od 1956 mieszkał w Monasterze Herbowieckim, gdzie w 1959 zmarł. 200px|right|thumb|Grupa rosyjskich duchownych w Monasterze Wałaam.