Po I wojnie światowej jednostka weszła w skład Republiki Litewskiej. Powiat sejneński został przedzielony granicą, w związku z czym gmina Lejpuny weszła w skład litewskiego powiatu sejneńskiego. Włączono do niej wtedy północną część zniesionej gminy Kudrany, natomiast zachodni fragment gminy Lejpuny przyłączono do nowej gminy Liszkowo w nowo utworzonym powiecie olickim. W 1923 roku składała się z 55 miejscowości, obejmujących łącznie 227 km² i zamieszkanych przez 5373 mieszkańcówLietuvos apgyventos vietos: pirmojo visuotinojo Lietuvos gyventojų 1923 m. surašymo duomenys. Kaunas, Centralinis Statistikos Biuras, 1925.. W 1932 roku była podzielona na 11 gromad, zamieszkanych przez 5496 ludziSavivaldybių žinynas („Savivaldybės“ redakcijos leidinys). – Kaunas, Spindulys, 1932..
Podczas II wojny światowej gmina należała do Komisariatu Rzeszy Wschód. 17 lipca 1941 władze niemieckie litewski powiat sejneński przekształciły w powiat łoździejski (Lazdijai). Zmianę tę zatwierdzono 14 kwietnia 1945, kiedy gmina już weszła w skład Litewskiej SRR w Związku RadzieckimSeinų apskritis. Tarybų Lietuvos enciklopedija, T.