Trzeci rok nauki (wrzesień 1993 do czerwca 1994) Hermiona ponownie zraziła do siebie Harry’ego i Rona, najpierw tym, że doniosła profesor McGonagall, że Potter anonimowo dostał w prezencie „Błyskawicę” najszybszą miotłę świata. Bała się, że Błyskawica została zaczarowana przez Syriusza Blacka, dlatego przedmiot skonfiskowano, ale po skrupulatnych badaniach, ostatecznie oddano. Drugą sprawą podpadła Ronowi, gdy jej niedawno kupiony kot Krzywołap zabił szczura Rona, Parszywka, co w końcu okazało się nieprawdą. W czasie, gdy skłócona była z Harrym i Ronem, pomagała Hagridowi w sprawach sądowych związanych z hipogryfem Hardodziobem. Ten podczas lekcji – sprowokowany – zaatakował Dracona Malfoya. Apelacje sądowe od zasądzonej kary śmierci dla zwierzęcia nie przyniosły sukcesu. Hermiona postanowiła uczyć się wszystkich możliwych przedmiotów, nawet tych zupełnie jej niepotrzebnych, przez co większą część roku chodziła zmęczona i rozdrażniona. Już na pierwszych zajęciach wróżbiarstwa ścięła się z nauczycielką owego przedmiotu, Sybillą Trelawney, a koło Wielkanocy zrezygnowała z tego przedmiotu. Zarzuciła profesorce kłamstwo i nierzetelność w obecności całej klasy oraz stwierdziła, że woli numerologię.