Od I wojny światowej urządzono w nim szpital epidemiologiczny, a w okresie międzywojennym i po II wojnie światowej znajdował się tam oddział psychiatryczny Szpitala Miejskiego (nazywany Szpitalem św. Wacława), a gdy ten został przeniesiony do nowych budynków w Krychnowicach, w kościele utworzono magazyn, a następnie oddział archeologiczny Muzeum Regionalnego. Od początku lat siedemdziesiątych XX w. rozpoczęto starania o odzyskanie kościoła. Podjął je bp Piotr Gołębiowski wraz z proboszczem parafii św. Jana – ks. Stanisławem Sikorskim. W wyniku tych zabiegów, 24 marca 1978 rejentalnym aktem kościół został przekazany przez władze państwowe w wieczystą dzierżawę parafii św. Jana. Wtedy też podjęto dzieło odnowy świątyni według projektu zespołu naukowego Politechniki Krakowskiej pod kierunkiem prof. Wiktora Zina. Prace te trwały do 9 czerwca 1986, kiedy to bp Edward Materski dokonał poświęcenia odnowionego kościoła. Jest to obiekt orientowany, gotycki w zrębie, murowany z cegły czerwonej w układzie polskim, wewnątrz tynkowany, jednonawowy. Od strony frontowej posiada portal gotycki z około 1440 r., uskokowy z profilowanej cegły. Parafia została powtórnie erygowana dekretem bp. Edwarda Materskiego z 19 sierpnia 1992. W latach 2012–2014 świątynia została poddana gruntownym pracom konserwatorskim.