Kościół ponownie był restaurowany w latach sześćdziesiątych XX w., polichromia została wykonana w 1972 r., a restauracji zewnętrznej dokonano w roku 1973. Polichromię z 1972 zaprojektował i wykonał prof. Wacław Taranczewski z Poznania z zespołem. Prace te prowadzone były staraniem ks. inf. Stanisława Sikorskiego. Polichromia swoim stylem nawiązuje do gotyckiego wnętrza. W kościele pw. św. Jana została ochrzczona 22 maja 1822 r. Sługa Boża Wanda Malczewska, a w 1854 r. malarz Jacek Malczewski. W kościele znajduje się między innymi tablica upamiętniająca pobyt kard. Karola Wojtyły dnia 21 sierpnia 1977 r.
W latach 1932–1935 został zbudowany obok kościoła Dom Katolicki z mieszkaniami dla księży na piętrach i salą parafialną z estradą na parterze. W budynku parafialnym obok kościoła i obok plebanii dawnego zamku w nocy 24 stycznia 1941 r. został aresztowany bł. ks. Kazimierz Grelewski. Następnie został zesłany do Dachau, gdzie powieszono go 9 stycznia 1942 r.
Od XV do XVIII wieku funkcjonował też na terenie parafii drewniany kościół św. Ducha, pełniący funkcję kościoła szpitalnego dla przytułku znajdującego się za murami miejskimi w pobliżu Bramy Piotrkowskiej. Do schyłku XVIII w. proboszcz fary sprawował również opiekę na niewielkim kościołem św.