południowa strefa to struktury kaledońskie. Cały ten obszar stanowią góry należące do łańcucha Tienszanu. Pomiędzy tymi dwoma obszarami, znajduje się mezozoiczne i kenozoiczne zapadlisko Issyk-kulu, Narynu i Fergany. Paleozoiczne struktury obszaru kazachsko-tienszańskiego tworzą fundamenty wschodniej części płyty turańskiej, które są przykryte osadami czwartorzędowymi.
Kirigstan jest krajem wybitnie górzystym. Ponad połowa kraju leży na wysokości powyżej 2500 m n.p.m. a jedna trzecie to tereny wznoszące się ponad wysokość 3000 m n.p.m. Średnia wysokość kraju wynosi 2750 m n.p.m. Prawie całe terytorium kraju znajduje się w obrębie zachodniej części Tienszanu, w skład którego wchodzi Tienszan Centralny (Góry Czatkalskie 4503 m n.p.m.), góry Ałatau Terskej (4488 m n.p.m.), Góry Fergańskie (4940 m n.p.m.) i najwyższe Kokszaał-tau, gdzie najwyższy szczyt kraju – Pik Pobiedy wznosi się na 7439 m n.p.m. Do Tienszanu Północnego należą Góry Kirgiskie o maksymalnym wzniesieniu 4875 m n.p.m. i Küngej Ałatau o wysokości maksymalnej 4771 m n.p.m. W południowo-zachodniej części Kirgistanu leżą Góry Hisarsko-Ałajskie o maksymalnej wysokości 5881 m n.p.m. oraz północne pasma Pamiru, gdzie jeden z najwyższych szczytów Kirgistanu – Szczyt Lenina wznosi się na 7134 m n.p.m.