W 2002 wystartował w wyborach prezydenckich. W pierwszej turze uzyskał 44,4% głosów, w drugiej dostał 56,6% głosów, pokonując niezależną Barbarę Brezigar. Ślubowanie złożył 22 grudnia 2002.
W styczniu 2006, w trakcie pełnienia funkcji prezydenta, wystąpił z LDS. Podczas kadencji publikował książki na temat filozofii duchowości. Od 1999 zmagał się z chorobą nowotworową, usunięto mu wówczas lewą nerkę. W 2005 zdiagnozowano nieoperacyjne guzy w płucach i wątrobie. Janez Drnovšek zaczął stosować metody medycyny alternatywnej, został weganinem, zajął się buddyzmem i taoizmem, a także przeprowadził się z Lublany do niewielkiej miejscowości Zaplana. Pięcioletnią kadencję zakończył 22 grudnia 2007. Nie ubiegał się o prezydencką reelekcję. Zmarł dwa miesiące później.
Odznaczenia Złoty Order Wolności Republiki Słowenii (1992) Order za Wybitne Zasługi (2004, z urzędu) Order Podwójnego Białego Krzyża (Słowacja, 2003) Krzyż Wielki Orderu Świętego Karola (Monako, 2006) Krzyż Wielki Orderu Makariosa III (Cypr, 2006)
Przypisy