W marcu 2003 wszedł w skład rady krajowej Węgierskiej Partii Socjalistycznej, a w maju tegoż roku objął stanowisko ministra do spraw dzieci, młodzieży i sportu, które zajmował do września 2004. W styczniu 2004 został przewodniczącym socjalistów w komitacie Győr-Moson-Sopron.
W sierpniu 2004, po słabych wynikach partii w eurowyborach i groźbie rozpadu koalicji, Péter Medgyessy podał się do dymisji. Ferenc Gyurcsány otrzymał rekomendację swojego ugrupowania na stanowisko premiera, zaakceptował go także koalicyjny Związek Wolnych Demokratów. 29 września 2004 jego rząd poparło w parlamencie 197 deputowanych, 12 zagłosowało przeciw, a większość posłów opozycji (w tym przedstawiciele największej partii opozycyjnej Fideszu) nie wzięło udziału w głosowaniu. Koalicja utrzymała większość w Zgromadzeniu Narodowym w wyborach w 2006, w których Ferenc Gyurcsány po raz pierwszy uzyskał mandat poselski. Pozostał wówczas na stanowisku premiera, a w 2007 objął dodatkowo funkcję przewodniczącego MSZP.