W 1602 r. został mianowany biskupem pomocniczym archidiecezji praskiej. Trzy lata później miała miejsce jego konsekracja. Postępująca choroba abpa Karela z Lamberka, zaangażowanego w akcje rekatolicyzacyjną w Czechach, spowodowała mianowanie 14 maja 1612 r. Jana Loheliusa koadiutorem archidiecezji praskiej przez papieża Pawła VGünter Christ, Lohel(ius), Johann, [w: „Neue Deutsche Biographie (NDB)”, tom 15, Duncker & Humblot, Berlin 1987, , s. 124.] [on-line] [dostęp 2014-12-28]..
Cztery miesiące później po śmierci Lemberka został dwunastym arcybiskupem metropolitą praskim oraz wielkim mistrzem zakonu krzyżowców z czerwoną gwiazdąEgerländer Biographisches Lexikon mit ausgesuchten Personen aus dem ehemaligen Regierungs-Bezirk Eger, tom 1, pod red. Josefa Weinmanna, 1985, s. 325..
Na jego pontyfikat przypadł bardzo trudny okres w historii Czech spowodowany wybuchem wojny trzydziestoletniej. W jej trakcie dokonano likwidacji wielu klasztorów i zniszczenia wielu kościołów przez protestantów. Podczas powstania czeskiego (1618–1622) Jan Lohelius uciekł z Pragi do Wiednia, skąd powrócił dopiero po klęsce rebeliantów na Białej GórzeGünter Christ, Johannes Lohelius – Vom Stallknecht zum Erzbischof von Prag, [w:] „Jahrbuch für fränkische Landesforschung 66", s. 35–39..